Las sustituciones están claras,tu estas de baja y contratan a otra persona -interino- para que te sustituya hasta que te den el alta médica.
Las comisiones de servicio son plazas,que por alguna razon, no tienen funcionario que las ocupe, y con caracter temporal se las ofrecen a otros funcionarios por si quieren ocuparlas,sin esperar al concurso de traslados ordinario ni nada.
El ebep dice muchas cosas, yo el contenido no lo recuerdo,pero te pongo por ejemplo; hace unos meses el juzgado de paz de Peñiscola pasó del ayuntamiento a depender de funcionarios de la administración de justicia: salieron dos plazas en comision de servicios por si algún funcionario las quería ocupar.