Creo que se refiere a las notas que puede confeccionar el funcionario de gestión, para unir documentos a los autos, por ejemplo. Serían algo así como las diligencias del secretario (de constancia, de comunicación,...). La respuesta que no me suena es la "de referencia", que tiene más que ver con el registro civil, no con la LOPJ.
Espero haberte aclarado algo.